اقيمت قلي كمدينة في بداية الثلاثينيات من القرن الماضي وهذا لا يعني أنها قبل ذلك التاريخ لم تكن موجودة فقد كانت قرية صغيرة بها مسيد الشيخ الامام ود البشير وكذلك مسيد الشيخ سليمان ود بلول ولمن لم يعرف او يسمع بالشيخ سليمان فإن شجرة الهجليج والموجودة بييت المدرسة الابتدائية تلك هي شجرة مسيد الشيخ سليمان قبل أن يرحل إلى منطقة ود شمام الحالية وقبره في قوز ودشمام . وكان بها أبو حبيرة صاحب مدينة أبو حبيرة الحالية وهو حسناوي فقيرابي لمن لم يعرفه وهو جد الحاج عرقوب ووالد بنات أبو حبيرة المعروفات بقلي . ولكن عندما قدم السيد يعقوب الخليفة علي ود حلو لإنشاء المشروع الزراعي الحالي اعتبر هذا هو التاريخ الحقيقي لقيام قلي المدينة حيث تم انشاء المدرسة الاولية للبنات في العام 1934 م وتبعتها المدرسة الاولية للبنين في العام 1936 وقام المشروع في العام 1934 وتبعا لذلك قامت المدينة بسوقها وشفخانة بشرية وشفخانة بيطرية ومحطة وقود توتال وعمل الرصيف للنيل هذا منشا قلي المدينة ونواصل